Los primeros esbozos de la revista se dieron a principios de la década de 1990, cuando en la revista Conecte, de la misma editorial, se incorporó un espacio para la historieta de géneros alternativos. Los editores notaron entonces que al aparecer viñetas al estilo japonés, el interés de los lectores aumentaba.​
A mediados de la década, y dado el creciente interés del público por la historieta japonesa, la editorial comienza a dar espacios cada vez mayores a ésta, lo que derivó finalmente en el inicio de la publicación de tress historietas tipo manga ahora consideradas emblemáticas: Tetsuko: la chica de acero, que emulaba a historietas como Cutey Honey, Chicas trabajadoras y Sexis, divertidas y abusadas, series de corte hentai que intentaban combinar el estilo manga con el humor mexicano (en especial el albur y el doble sentido).​
Años más tarde, en 1997, comenzó a publicarse una seccion llamada Conexión manga en la historieta Tetsuko: la chica de acero, donde se daba alguna pequeña reseña o comentario sobre el anime. Dicha seccion se mantuvo hasta el final de la publicacion, a mediados de 1999.​
Conexión Manga inicia formalmente sus publicaciones en octubre de 1999.​
Del número 1 al 79 la revista contaba con 32 páginas - 16 a color y 16 en blanco y negro - y entre sus artículos también se incluían reseñas de comics y filmes; para su edición no. 80 se modifica el formato a 24 páginas a color y 8 en blanco y negro, y se centra el contenido solamente en anime y manga.​
En el no. 90 se extiende el contenido a 70 páginas por número, lo cual siguió vigente hasta el número 185 (octubre de 2008), cuando se aumentó la paginacion a 80 páginas, de las cuales 32 son en blanco y negro.​
En el año 2004 editó el número 100, y a mediados de 2007, el número 150. En Septiembre de 2009, fue publicado el número 200, con un número especial de 200 páginas. convirtiéndose en la única revista especializada en el tema en lograr este número de publicaciones en México y en latinomérica.​
A partir del numero 220 (primera quincena de octubre de 2010) el formato de la revista cambia nuevamente, donde destaca la reduccion en la paginacíon quedando en 49 paginas en lugar de las 81 que habia mantenido de manera regular. Asimismo la revista Conexión Manga ha incorporado dos publicaciónes de la misma editorial anexandolas en forma de secciones, siendo estas Anime y Manga Colección Deluxe (publicada desde 2001) y Akibakei (publicada desde 2006). Con esto, la revista Conexión Manga ahora se especializa únicamente en Anime, Manga, Videojuegos y notas de tecnología, dejando fuera las revisiones a series norteamericanas y cómics.​
Nuevamente en la edición 248 hay un aumento de paginación, siendo que de 49 páginas que tuvieron de la 220 hasta la 248, aumento a 63 páginas, pero siendo mucho menor que la 80 paginas que habia mantenido hasta la 219.

"CONEXION MANGA"